Ressources de calculs du laboratoire

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3 serveurs de calculs sont à votre disposition :

  1. math8.unice.fr : fortran, MPI, OpenMP, mathematica (Cette machine est relativement vieille, utilisez plutôt les autres)
  2. math11.unice.fr : maple, mathematica, matlab, scilab
  3. math5.unice.fr : machine Scalemp (ICC, Ifort, MPI, OpenMP) SMP

Se connecter aux serveurs de calculs :

Il faut d'abord se connecter à son serveur d'équipe, lancer un terminal et tapez (ici c'est math11), sur math8 et math11, vous pouvez utiliser l'argument -Y, sur math5, il sera inefficace :

[user@mathx:/home/group/user]:ssh -Y math11.unice.fr

Sur chacune de ces machines, vous avez accès à un workspace, c'est à dire un espace de stockage non sauvegardé dans lequel un répertoire nommé comme votre login existe :

[user@mathx:/home/group/user]:cd /workspace/user

Vous êtes donc ici en local sur la machine de calcul, lorsque vous lancerez un calcul, qu'il soit en mode classique ou en mode nohup (voir plus loin) aucun processus de lecture ou d'écriture réseau ne sera mis en place, votre calcul sera plus rapide et aucune donnée ne transitera par le réseau.

Ressources sur math11.unice.fr

Matlab :

IMPORTANT: par défaut Matlab utilise tous les cores de la machine.

Pour éviter la surcharge du serveur, il suffit de rajouter une ligne en tête de votre fichier .m:
        maxNumCompThreads(N);
N est le nombre de cores souhaités pour le calcul.

Remarque: la machine actuelle (math11.unice.fr) dispose de 12 coeurs et 48 GBytes de mémoire vive.

Pour lancer Matlab en mode graphique

[user@mathx:/workspace/user]:matlab &

Pour lancer Matlab en mode console

[user@mathx:/workspace/user]:matlab -nodesktop

Sinon

[user@mathx:/workspace/user]:matlab -help

 

Maple :

Pour lancer Maple en mode graphique

[user@mathx:/workspace/user]:xmaple &

Pour lancer Maple en mode graphique

[user@mathx:/workspace/user]:xmaple -cw &

Pour lancer Maple en mode console

[user@mathx:/workspace/user]:maple

Sinon

[user@mathx:/workspace/user]:maple -help

 

R :

Pour lancer R :

[user@mathx:/workspace/user]:R

 

Scilab:

Pour lancer Scilab :

[user@mathx:/workspace/user]:scilab

scilab lance la version 5.3.3

Pour obtenir de l'aide

[user@mathx:/workspace/user]:scilab --help

Pour lancer Scilab en mode console

[user@mathx:/workspace/user]:scilab -nogui

 

Mathematica :

Pour lancer Mathematica en mode graphique

[user@mathx:/workspace/user]:mathematica

Pour lancer Mathematica en mode console

[user@mathx:/workspace/user]:math

Pour quitter Mathematica en mode console tapez : Exit

 

Utilisation des serveurs en nohup

Matlab en nohup :

On peut utiliser les serveurs en nohup, c'est à dire que l'on peut lancer un calcul et se déconnecter du serveur, sans que celui-ci arrête le calcul

La ligne de commande est la suivante

nohup matlab -nodesktop -nojvm -r execute > nohup.out &

execute est le nom du fichier .m (execute.m, il faut absolument enlever le .m !!)et nohup.out le nom du fichier réseultat contenant les informations (bien entendu, à la fin du fichier .m, il ne faut pas oublier de mettre un exit, sinon le fichier nohup.out se remplit de messages d'erreurs !!)

Maple en nohup :

La ligne de commande pour utiliser maple en mode batch et en nohup

nohup maple < maple_script.m > output_file &

maple_script.m est le fichier contenant les commandes à effectuer sous maple et output_file le fichier de sortie et de résultat (ici il faut mettre un quit à la fin du fichier de script !!)

R en mode batch et nohup :

Sous R, tapez :

help(BATCH)

Ou sinon sous la console, tapez :

R BATCH --help

En mode batch et en nohup, tapez :

nohup R CMD BATCH myscript.R &

Ou sinon pour que l'interface ne sauve rien :

nohup R CMD BATCH myscript.R --no-save &

Bien entendu, il faut terminer le fichier myscript.R par :

  • q("no") : le workspace n'est pas sauvegardé
  • q("yes") : le workspace est sauvegardé

Vous pouvez aussi utiliser la commande screen : man screen pour plus d'informations